Οι ερευνητές ανακάλυψαν ένα μυστηριώδες γονίδιο στον γενετικό κώδικα του SARS-CoV-2, που βρίσκεται στο γονιδίωμα του ιού και το οποίο μέ...
«Όσον αφορά το μέγεθος του γονιδιώματος, ο SARS-CoV-2 και οι συγγενείς του συγκαταλέγονται στους μεγαλύτερους ιούς RNA που υπάρχουν. Έτσι είναι ίσως πιο εύκολο να μας εξαπατήσουν σε σχέση με άλλους ιούς RNA», εξηγεί ο βιοπληροφορικός Τσέιζ Νέλσον από το Αμερικανικό Μουσείο Φυσικής Ιστορίας.
Τα αλληλεπικαλυπτόμενα γονίδια είναι δύσκολο να εντοπιστούν σε γενετικές ακολουθίες από τα συστήματα γονιδιωματικής σάρωσης, τα οποία είναι προγραμματισμένα να συλλέγουν μεμονωμένα γονίδια, κι όχι απαραίτητα να αναγνωρίζουν τις γενικές οδηγίες που μοιράζονται τα νουκλεοτίδια των γειτονικών γονιδίων μέσα σε μια ακολουθία.
«Αν δεν μπορέσουμε να εντοπίσουμε τα αλληλεπικαλυπτόμενα γονίδια κινδυνεύουμε να παραβλέψουμε σημαντικές πτυχές της ιικής βιολογίας», λέει ο Νέλσον.
"Αυτά τα γονίδια μπορεί να είναι ένας από τους παράγοντες που βοήθησαν τον κορονοϊό να αναπαραχθεί, να μειώσει την ανοσία του ξενιστή ή να μεταδοθεί».
Μέσω της σάρωσης γονιδιωματικών βάσεων δεδομένων, οι ερευνητές διαπίστωσαν ότι το γονίδιο είχε ταυτοποιηθεί στο παρελθόν, αλλά μόνο σε μια παραλλαγή του κορονοϊού που επηρεάζει τις παγκολίνες.
Επίσης, το ORF3d είχε ταξινομηθεί εσφαλμένα ως ORF3b το οποίο υπάρχει σε άλλους κορονοϊούς, συμπεριλαμβανομένου του SARS-CoV, αλλά είναι διαφορετικό.
«Τα δύο γονίδια δεν σχετίζονται μεταξύ τους και κωδικοποιούν εντελώς διαφορετικές πρωτεΐνες», εξηγεί ο Νέλσον. «Αυτό σημαίνει ότι τα στοιχεία που έχουμε σχετικά με τον SARS-CoV ORF3b δεν ισχύουν για τον SARS-CoV-2 ORF3d».
Ένα στοιχείο που γνωρίζουμε για το μυστηριώδες αυτό γονίδιο, που βασίζεται σε προηγούμενα αιματολογικά ευρήματα σε ασθενείς με COVID-19, είναι ότι το ORF3d προκαλεί ισχυρή απόκριση αντισωμάτων.
Οι επιστήμονες δε γνωρίζουν ακόμη εάν θα ενεργοποιηθούν τα Τ κύτταρα ή ποιες άλλες επιπτώσεις μπορεί να επιφέρει το ORF3d.
«Δεν γνωρίζουμε ακόμη τη λειτουργία του», λέει ο Νέλσον. «Μπορούμε όμως να προβλέψουμε ότι αυτό το γονίδιο είναι σχετικά απίθανο να ανιχνευθεί από μια απόκριση Τ κυττάρου, σε αντίθεση με την απόκριση αντισωμάτων. Και αυτό ίσως έχει να κάνει με το πώς προέκυψε το γονίδιο».
Ένα πράγμα είναι σίγουρο πάντως. H ανακάλυψη του αλληλεπικαλυπτόμενου γονιδίου ενός ιού του οποίου μόνο 15 γονίδια είναι γνωστά, αποτελεί σημαντική εξέλιξη.
Τα αποτελέσματα της έρευνας δημοσιεύθηκαν στο eLife.
